Anos após o começo das Guerras Clônicas, os nobres cavaleiros Jedi lideram um exército maciço de clones em uma batalha galáctica contra os separatistas. Quando os sinistros Sith revelam uma trama de mil anos para dominar a galáxia, a República desmorona e de seus escombros surge o tirânico Império Galáctico.

O herói Jedi Anakin Skywalker (Hayden Christensen) é seduzido pelo lado sombrio da Força e se torna o novo aprendiz do imperador: Darth Vader. Os Jedi são dizimados, com Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) e o Mestre Jedi Yoda forçados a se esconder. A única esperança da galáxia são os próprios filhos de Anakin, gêmeos nascidos em sigilo, que se tornarão heróis.