É o século 23. A nave espacial da Federação U.S.S. Enterprise está em manobras de treinamento de rotina e o Almirante James T. Kirk (William Shatner) parece abalado com o fato de que esta inspeção pode muito bem ser a última missão espacial de sua carreira.

Acontece que Khan está de volta. Auxiliado por seu bando de super-homens genéticos, que foram exilados, Khan (Ricardo Montalban)  - que também foi banido da Terra no século 20 - invadiu Estação Espacial Regula One, roubou um dispositivo ultra-secreto chamado Projeto Gênesis, tomou o controle de uma outra nave da Federação, e agora bola uma armadilha mais mortal para o seu velho inimigo Kirk ... com a ameaça de um Armageddon universal!