Agora mais maduro, mais estratégico e mais solitário, o Coronel Nascimento dá ao BOPE estrutura e força. Afasta o tráfico de muitas favelas. Impede que os policiais corruptos faturem com o arrego do tráfico, apenas para descobrir que na segurança pública do Rio de Janeiro nada é o que parece, e que o problema ser enfrentado não se restringe ao tráfico. O buraco é bem mais em baixo.

O destino da cidade e de Nascimento se cruzam em "Tropa de Elite 2 - O inimigo agora é outro". O sistema se reinventa e descobre como lucrar sem o intermédio do tráfico. Em perseguição ao caminho trilhado pelo sistema, o público acompanha Nascimento indo além dos limites do quartel, revelando as ligações das milícias com o Estado. E o preço por essa descoberta é alto. Não se sabe de onde vem o tiro.