X-MEN: PRIMEIRA CLASSE conta a história do épico início da saga dos X-Men e revela a história secreta de famosos eventos globais. Antes dos mutantes se revelarem ao mundo, e antes de Charles Xavier e Erik Lensherr assumirem os nomes de Professor X e Magneto, havia dois jovens descobrindo seus poderes.

Nada de arqui-inimigos: naquela época, eles eram amigos íntimos e trabalhavam junto com outros mutantes (algo familiar, algo novo) para deter o Armagedom. Nesse processo, uma grave desavença aconteceu, dando origem à eterna guerra entre a Irmandade de Magneto e os X-Men do Professor X.