Nesta sequência, os G. I. Joes não estão somente lutando contra seu inimigo mortal Cobra; eles são forçados a lutar contra ameaças de dentro do governo que colocam em risco sua própria existência.

Uma guerra antiga se reinicia quando um jovem trabalhador do campo abre inconscientemente um portal entre o nosso mundo e uma raça de gigantes apavorantes. Soltos na Terra pela primeira vez depois de séculos, os gigantes tentam reconquistar seu território…