Bem ao estilo da famosa série "Arquivo X", que retorna à TV no ano de 2016, a história do segundo filme mostra como o complicado relacionamento entre Fox Mulder (Duchovny) e Dana Scully (Anderson) os levou por caminhos inesperados.

Mulder continua sua inabalável busca pela verdade, e a intensa e extremamente inteligente médica Scully mantém-se fortemente vinculada às investigações de Mulder, mas agora eles se unem novamente para investigar o caso de um antigo padre que diz estar recebendo visões de uma agente do FBI que foi sequestrada.