Os agentes Fox Mulder (David Duchovny) e Dana Scully (Gillian Anderson) descobrem que o governo está acobertando um caso de uma doença contagiosa suspostamente ligada aos alienígenas. O vírus que ficou adormecido por anos vem de uma colônia dos aliens instalada na Terra, que pode mudar o rumo do mundo, incluindo as crenças dos agentes do FBI, que são encarregados dos Arquivo-X. Agora, eles devem lutar contra os agentes do governo para descobrir a verdade.