A derrota do almirante Kirk sobre o Khan e a criação do planeta Genesis são vitórias vazias. Spock está morto e McCoy está inexplicavelmente sendo levado à loucura. Em seguida, uma visita surpresa de Sarek, pai de Spock, proporciona uma surpreendente revelação: McCoy está abrigando a essência da vida de Spock.

Com um amigo vivo e outro não, mas com ambos passando dor, Kirk tenta ajudar seus amigos roubando a U.S.S. Enterprise e desafiando a quarentena da Frota Estelar do planeta Genesis. Contudo, os Klingons também estão sabendo de Gênesis e correm para desafiar Kirk em um encontro mortal.