Piratas da biodiversidade invadem a área da floresta amazônica onde vive Maya, jovem índia que é vítima do ataque predatório, deixando orfã a bebe Tainá. Abrigada entre as raízes da Grande Árvore a criança é salva e criada pelo velho e solitário pajé Tigê. Cinco anos depois, ele leva Tainá à aldeia do seu povo, onde está para ser escolhido o novo líder defensor da natureza.

Por ser menina, Tainá é impedida de se apresentar ao combate, mas pela herança de Maya, a última das Amazonas guerreiras, e com o apoio de Laurinha, esperta menina da cidade, e do índio nerd Gobí, a indiazinha parte para derrotar os malfeitores, desvendando os mistérios de sua própria origem.